شناسایی و گروه بندی خانواده عوامل رونویسی wrky در جو

نویسندگان

بنیامین یزدانی

beniamin yazdani university of mohaghegh-e-ardebiliدانشگاه محقق اردبیلی رسول اصغری زکریا

rasoul asghari-zakaria university of mohaghegh-e-ardebiliدانشگاه محقق اردبیلی زهرا سادات شبر

zahra-sadat shobbar abriiپژ.هشکده بیوتکنولوژی کشاورزی

چکیده

تنش های زیستی و غیر­زیستی از مهمترین عوامل محدود­کننده عملکرد گیاهان زراعی مانند جو هستند. عوامل رونویسی در تنظیم ژن های پاسخ ­دهنده به این تنش ها دخالت دارند که خانواده ژنی wrky رمز کننده گروه بزرگی از آنهاست. بنابراین شناسایی و مطالعه این خانواده ژنی می تواند گامی موثر برای ایجاد تحمل به تنش ها در گیاهان باشد. در پژوهش حاضر، دانستنی های مربوط به اعضای خانواده wrky جو از پایگاه های داده جمع آوری شدند. با انتخاب یک عضو از هر زیر گروه ژن های wrky در برنج، tblastn در پایگاه داده های ibsc و ncbi انجام شد تا اعضای احتمالی دیگر این خانواده نیز اضافه شدند. بر اساس مدل مخفی مارکوف، جستجو برای توالی های دارای منطقه حفاظت شده wrky علیه همه پروتئین های این خانواده و هر زیر گروه آنها انجام شد. اعضای پیدا شده که شامل 96 عضو و یک توالی از هر زیرگروه عوامل رونویسی wrky از گیاهان آرابیدوپسیس، برنج و گندم بودند، به صورت چندگانه هم ردیف شده و درخت فیلوژنتیک آنها رسم شد. توالی های موجود بر مبنای تعداد پهنه های wrky و ساختار انگشت روی موجود در سه گروه دسته بندی شدند. بر این اساس ۱۳پروتئین در گروه i،3۰ پروتئین با ساختار انگشت روی cx7cx23hxc در گروه iii و بقیه پروتئین ها با ساختار انگشت روی cx4-5cx22-23hxh در گروه ii قرار گرفتند. با توجه به نقش گروه iii در تحمل گیاه به تنش­های زیستی و غیر زیستی، فزونی درصد حضور اعضای این گروه در جو همانند گندم نسبت به میانگین گیاهان عالی را می­توان با مضاعف شدگی در اجداد وحشی تک لپه ­ای­ ها و انتخاب طبیعی برای ارقام مقاوم تر در شرایط نامساعد محیطی در ارتباط دانست.

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دانلود متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

شناسایی و گروه بندی خانواده عوامل رونویسی WRKY در جو

تنش‌‌‌‌‌های زیستی و غیر­زیستی از مهمترین عوامل محدود­کننده عملکرد گیاهان زراعی مانند جو هستند. عوامل رونویسی در تنظیم ژن‌های پاسخ ­دهنده به این تنش‌ها دخالت دارند که خانواده ژنی WRKY رمز کننده گروه بزرگی از آنهاست. بنابراین شناسایی و مطالعه این خانواده ژنی می‌تواند گامی موثر برای ایجاد تحمل به تنش‌ها در گیاهان باشد. در پژوهش حاضر، دانستنی‌های مربوط به اعضای خانواده WRKY جو از پایگاه‌های داده جم...

متن کامل

بررسی بیوانفورماتیکی خانواده ی ژنی عوامل رونویسی wrky در گندم

تنش های زیستی و غیرزیستی مهمترین عوامل محدودکننده عملکرد گیاهان زراعی مانند گندم می باشند. خانواده ی ژنی wrky رمزکننده گروه بزرگی از عوامل رونویسی هستند که در تنظیم ژن های پاسخ دهنده به تنش های زیستی و غیرزیستی دخیل می باشند. بنابراین شناسایی و مطالعه ی این خانواده ی ژنی گامی موثر در راستای یافتن راهکارهایی هدفمند برای تحمل گیاهان به تنش ها خواهد بود. در پژوهش حاضر، اطلاعات مربوط به اعضای خانوا...

15 صفحه اول

بررسی بیوانفورماتیکی ژن های خانواده ی عوامل رونویسی wrky در گندم

خانواده ی ژنی wrky رمزکننده گروه بزرگی از عوامل رونویسی هستند که در تنظیم ژن های پاسخ­دهنده به تنش های زیستی و غیرزیستی به خصوص در تنش خشکی دخیل می­باشند؛ برای شناسایی اعضاء این خانواده ژنی در گندم، جستجوی چندگانه در پایگاه های اطلاعاتی مرتبط و tblastn براساس توالی­های حفظ شده ی این خانواده در برنج در داده­های nr، est، htgs انجام شد. توالی­هایی مثل est و cdna (فاقد پروتئین) توسط نرم­افزارهای dn...

متن کامل

نقش عوامل رونویسی از گروه wrky در تحمل به تنش خشکی در ژنوتیپ های حساس و متحمل برنج

خشکی و کم آبی از مهمترین چالش های تولید برنج در مناطق مختلف دنیا و از جمله ایران می باشد. شناخت ساختار و مکانیسم تحمل به تنش خشکی در ایجاد و انتقال تحمل بسیار حایز اهمیت می باشد. در این میان نقش عوامل رونویسی در تغییر تظاهر ژن های مسئول به تحمل بسیار مهم می باشد. از میان این عوامل نقش wrky تاکنون بخوبی شناخته نشده است. بدین جهت این مطالعه با استفاده از داده های حاصل بررسی اثر تیمارهای ملایم و ش...

بررسی الگوی بیان ژن‌های عوامل رونویسی (MYB و WRKY) تحت تنش شوری در مرحله گیاهچه‌ای یونجه زراعی با استفاده از PCR در زمان واقعی

یکی از عمده‌ترین مشکلات در تولید و گسترش سطح کشت یونجه در جهان و از جمله ایران، شوری است. در گیاهان شناخت کامل مکانیسم‌های تحمل و ژن‌های درگیر در شرایط تنش می‌تواند باعث بهبود تحمل تنش‌های مختلف در گیاهان زراعی با استفاده از روش‌هایی چون دستکاری ژنتیکی شود. یکی از مهم‌ترین روش‌های کنترل تنش در گیاهان، تنظیم در مرحله رونویسی ژن‌هاست. عوامل رونویسی از طریق اتصال به عناصر رونویسی در پروموتور DNA م...

متن کامل

بررسی الگوی بیان ژن‌های عوامل رونویسی (MYB و WRKY) تحت تنش شوری در مرحله گیاهچه‌ای یونجه زراعی با استفاده از PCR در زمان واقعی

یکی از عمده‌ترین مشکلات در تولید و گسترش سطح کشت یونجه در جهان و از جمله ایران، شوری است. در گیاهان شناخت کامل مکانیسم‌های تحمل و ژن‌های درگیر در شرایط تنش می‌تواند باعث بهبود تحمل تنش‌های مختلف در گیاهان زراعی با استفاده از روش‌هایی چون دستکاری ژنتیکی شود. یکی از مهم‌ترین روش‌های کنترل تنش در گیاهان، تنظیم در مرحله رونویسی ژن‌هاست. عوامل رونویسی از طریق اتصال به عناصر رونویسی در پروموتور DNA م...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید


عنوان ژورنال:
مهندسی ژنتیک و ایمنی زیستی

جلد ۴، شماره ۱، صفحات ۴۱-۵۴

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023